Bilboko Portuko Agintaritzak gobernatzen du Bilboko Portua. Estatuko Portuak erakunde publikoaren partaide de agintaritza, eta legez ezarritako funtzioak eta eskumenak ditu.
Portuko Agintaritzak planifikatzen eta gauzatzen ditu salgaien itsasoko joan-etorriekin eta garraio moduak aldatzearekin lotutako jarduerak egiteko beharrezkoak diren azpiegitura-obrak.
Portuko zerbitzugunea zertarako erabili behar den agindu eta portuko jabetza publikoa kudeatzen du. Horretarako, emakidak eta baimenak ematen ditu, errentagarritasun eta eraginkortasun irizpideak kontuan hartuta.
Merkataritza-zerbitzuak finkatu eta portuko instalazioak erabiltzeagatiko Bezeroei eskainitako prezioak (Tasak eta Tarifak) biltzen ditu.
Portuko Agintaritzak beste sozietate batzuetan parte hartzea ere erabaki dezake.