El gobierno del Puerto de Bilbao es competencia de la «Autoridad Portuaria de Bilbao», organismo integrante del Organismo Público Puertos del Estado, con funciones y competencias establecidas por Ley.
La Autoridad Portuaria planifica y ejecuta las obras de infraestructura necesarias para la realización de las actividades relacionadas con el tráfico marítimo de mercancías y el intercambio entre modos de transporte.
Ordena, asimismo, los usos de la zona de servicio del puerto y gestiona el dominio público portuario mediante el otorgamiento de concesiones y autorizaciones, con criterios de rentabilidad y eficiencia.
Fija los servicios comerciales y recauda las precios ofertados a los clientes (Tasas y Tarifas) por utilización de las instalaciones portuarias. La Autoridad Portuaria también puede decidir su participación en sociedades.