La Autoridad Portuaria de Bilbao se ha dotado de un Sistema de Gestión Integrado de Calidad, Prevención y Medio Ambiente para conseguir la satisfacción de las demandas y expectativas de todos los grupos de interés con los que tiene relación, el reconocimiento del derecho a la protección de la salud en el ámbito laboral y el control de los impactos en el medio ambiente.
Para desarrollar estos compromisos, el Puerto de Bilbao adoptó los modelos de gestión establecidos en las normas ISO 9001, ISO 45001 e ISO 14001.
La integración social de los puertos tiene una dimensión medioambiental en la medida en que interactúa con las actividades humanas. En la práctica, esto incluye especialmente los problemas de contaminación (aire, agua, ruido, luz…). Pero la gestión medioambiental del puerto, sin embargo, tiene un alcance más amplio que los problemas derivados de las externalidades negativas asociadas a las actividades portuarias, comprende, además, la conservación ecológica, el cambio climático y otras cuestiones.
En el año 2014 la Autoridad Portuaria de Bilbao mostró su voluntad de avanzar en la asunción de esa responsabilidad social y se adhirió de manera voluntaria al Reglamento (CE nº1221/2009) Eco Management and Audit Scheme (EMAS) resultando inscrita el 19.09.2014 en el Registro EMAS con el número ES-EU-000082.
Las obligaciones derivadas del Reglamento EMAS III son acordes con lo que el entorno social demanda: transparencia, accesibilidad, capacidad de diálogo y de dar respuesta a las expectativas de los grupos de interés.