El Puerto de Bilbao, que apuesta por la intermodalidad, dispone de una eficaz malla de conexiones por tren y carretera que se encuentra en permanente desarrollo.
El Puerto de Bilbao está conectado a la densa red de autopistas europeas, con acceso directo a ciudades como Madrid y enlaces a otros muchos entornos urbanos. Un camión tarda menos de 4 horas en hacer el recorrido Bilbao-Madrid.
- Por la autopista A-8 se puede acceder desde el Puerto de Bilbao a Burdeos y, en sentido contrario, a las ciudades de la Cornisa Cantábrica, como Santander o Gijón, así como a las del Norte de Castilla
- La autopista A-68 enlaza el Puerto con Zaragoza y Barcelona.
- La autopista A-1 une el Puerto de Bilbao con Madrid, con enlaces a Lisboa y las ciudades del sur de España

Bilbao es el puerto del Arco Atlántico que más utiliza el tren para introducir o sacar mercancías de sus instalaciones. Diariamente, numerosos trenes entran o salen de la estación de mercancías de Bilbao, con destino o llegada a Madrid, Barcelona, Valencia, Sevilla, Castellón, Burgos, Zaragoza y Júndiz (Vitoria). Además, dentro de las mismas instalaciones portuarias, dispone de una terminal TECO y de una estación de formación de trenes con las siguientes características :
- Superficie: 120.500 m2
- Estación de clasificación: 8 vías de entre 500 y 780 metros
- Terminal de cargas: 2 vías de 400 metros
- Terminal TECO: 6 vías de 450 metros
El aeropuerto de Bilbao, con 4 millones de viajeros y a 30 minutos del Puerto en automóvil, permite volar a las principales ciudades españolas y europeas, en menos de dos horas. Vitoria, próxima a Bilbao, también dispone de instalaciones aeroportuarias.Un ambicioso plan de desarrollo de infraestructuras viarias, ya en marcha, multiplicará los recursos para el movimiento de mercancías en el Puerto de Bilbao. Entre los proyectos cabe destacar el nuevo cinturón periférico metropolitano de Bilbao, con enlace directo al puerto, la nueva vía ferroviaria para mercancías a través del túnel del Serantes y la denominada “Y” vasca.